In teoria, con i DMA slot 2 appena citati sarebbe possibile utilizzare anche ROM DS, ma sorge un problema: le cartucce DS contengono una firma digitale, che certifica l'autenticità della cartuccia e che viene verificata dalla console prima di entrare in modalità DS. Purtroppo, l'operazione di patching necessaria per far funzionare le ROM con i DMA slot 2 corrompe la firma, col risultato che la console si rifiuterà di avviarle.

Per ovviare a questo sono stati sviluppati dispositivi che vanno sotto il nome generico di "Dispositivi pass-through" (Pass-through devices). Si tratta di cartucce da inserire nello slot 1, che contengono una firma digitale valida e redirigono semplicemente l'esecuzione allo slot 2. Esistono varie generazioni di queste, da utilizzare a seconda della versione del firmware del proprio DS, ma ormai dovrebbero essere in commercio solo i dispositivi della terza generazione, compatibili con tutte le console. Come dimensioni sono identici ad una cartuccia DS, e sono assolutamente plug'n'play: tutto quel che serve fare è inserirli. Una volta che il meny del DMA è stato caricato è possibile rimuoverla, in modo da risparmiare batteria, a scapito del funzionamento della modalità sleep. Alcuni prodotti di questa generazione sono il "Max Media Launcher", la "Passcard 3", e la "Superkey" (chiamata anche "Superpass"). Il costo indicativo si aggira sui 25 euro.

C'è anche un modo per evitare completamente l'utilizzo di un dispositivo pass-through, che consiste nel flashare nel DS una versione modificata del firmware, chiamata "FlashMe". Questo presenta alcuni vantaggi aggiuntivi:
- Possibilità di caricare ROM e homebrew in modalità DS senza pass-through.
- Recovery mode che permette di ripristinare il firmware in caso di brick.
- Protezione contro i virus che brickano il DS (al momento ce n'è solo uno conosciuto).
- Possibilità di usare il Download Play con backup.

L'ultimo punto è forse il più importante. Infatti, quando si utilizza il backup di un gioco per iniziare una partita wi-fi in modalità cartuccia singola, i DS riceventi, se non sono stati flashati, si rifiuteranno di far partire il gioco scaricato (perchè, sempre a causa del patching, non presenta una firma digitale corretta). Tuttavia, questo problema non dovrebbe affliggere le partite multigiocatore in modalità a più cartucce.
Bisogna notare, comunque, che per eseguire la prima operazione di flashing è necessario un dispositivo pass-through; conviene quindi cercarne uno in prestito.

Per quanto possa sembrare strano, a parità di DMA slot 2, la compatibilità delle ROM NDS tende ad essere più alta di quelle GBA, per motivi di design hardware del DS, e si avvicina al 100%. Si consiglia di dare un'occhiata alla lista di compatibilità: http://www.dualscene.net/viewpage.php?page_id=28